O objetivo deste estudo foi analisar o volume e a morfologia das vias aéreas superiores (VAS), bem como a dimensão dos ossos maxilares nos diferentes padrões etiológicos de maloclusão Classe III (retrognatismo maxilar e prognatismo mandibular), comparando à maloclusão Classe I, em exames de tomografias computadorizadas de feixe cônico (TCFC). A amostra foi constituída por 63 exames de TCFC de indivíduos entre 13 e 20 anos, alocados em três grupos, de acordo com os valores angulares de SNA, SNB e ANB: Grupo Classe I (Cl); Grupo Classe III com retrognatismo maxilar (CIII RMax) e Grupo Classe III com prognatismo mandibular (CIII PMand). As vias aéreas superiores foram analisadas e subdivididas em Nasofaringe (NF), Orofaringe (OF), Hipofaringe (HF), Espaço Retropalatal (ERp) e Espaço Retroglossal (ERg), no programa Dolphin Imaging®, versão 11.95 Premium, mensurando-se o volume (Vol) e a área axial mínima (Axmin) respectivos a cada uma das regiões anatômicas. Adicionalmente, foram realizadas medições tridimensionais da maxila e da mandíbula, averiguando-se as dimensões transversas e anteroposteriores. Os dados obtidos foram analisados no programa Jamovi, versão 1.6.15, adotando-se o nível de significância a 5%. Devido à distribuição não normal de algumas variáveis, procedeu-se com o teste de Kruskal-Wallis para a comparação intergrupos, seguido pelo pós teste de Mann-Whitney. Constatou-se diferença estatisticamente significativa no Vol e na Axmin da OF (P≤0,001; P≤0,05) e do ERp (P≤0,001) da CIII PMand em relação à CIII RMax e CI, as quais não diferiram entre si. Na análise das dimensões da maxila, não houve diferença estatística, enquanto a mandíbula evidenciou a Distância Bigoníaca maior em CIII RMax (P≤0,05) e a Distância Anteroposterior Total Mandibular e do Corpo Mandibular maiores em CIII PMand (P≤0,001; P≤0,05). Observou-se correlação positiva no tamanho dos ossos maxilares entre si, bem como entre os valores referentes à mandíbula e as VAS, principalmente entre a Distância Anteroposterior Total Mandibular e o Vol de OF e de ERp (rho=0,470 e 0,519, respectivamente). Conclui-se que indivíduos Classe III por prognatismo mandibular exibiram a maior dimensão das VAS nas sub-regiões de OF e ERp e maior comprimento anteroposterior mandibular, enquanto indivíduos Classe III por retrusão maxilar evidenciaram a maior dimensão transversa da mandíbula, porém sem demonstrar reflexo significativo nas VAS.